Dank eines Zusammentreffens mit General Traag aus Dimension X entdecken die Turtles, dass Krang wieder mit seinem "Dimensionsportal" experimentiert. Donatello beschließt, die Nutrinos zu kontaktieren, um herauszufinden, was Krang vorhat. Donatellos "Pan-Dimensionsportal" wird von Krangs Maschine aus der Bahn geworfen, und statt der Dimension X nehmen die Turtles Kontakt mit einer alternativen Erde im Japan des 16. Jahrhunderts auf, wo Tiere die vorherrschende Spezies sind - nicht Menschen. Plötzlich wird ein Samurai-Kaninchen namens Usagi Yojimbo durch das Portal in das Versteck der Turtles "gesaugt". Nach einem kurzen Kampf gesteht Usagi ihre Niederlage ein und bittet darum, ihre Ninja-Geheimnisse zu erfahren.