Während die Turtles an "Turtle Pox" leiden, einer Krankheit, die nur mutierte Turtles befällt, hat Krang eine Roboter-Schildkröte entwickelt, die er Metalhead nennt, um die Ninja Ts zu vernichten. Um den Roboter programmieren zu können, benötigt Krang jedoch zunächst einen "Brainalyzer"-Scan der Turtles. Shredder, Rocksteady und Bebop reisen an die Oberfläche und zwingen die Turtles aus ihrem Versteck, indem sie in verschiedene Geschäfte in der Stadt einbrechen. Natürlich kommen die Turtles am Tatort an, lassen sich von Shredder mit dem Brainalyzer betäuben und machen sich aus dem Staub. Die Turtles sind verwirrt, aber erleichtert, wieder zu Hause in ihren Betten zu sein.