Leatherhead reist nach New York, um sich an den Teenage Mutant Ninja Turtles zu rächen. Stattdessen trifft er auf den Rattenkönig, der eine Ladung Chemikalien gestohlen hat und plant, die Bürger von New York in hirnlose Zombies zu verwandeln, damit seine Rattenscharen die Stadt beherrschen können. Da sich zwei ihrer heimtückischsten Feinde in der gleichen Kanalisation befinden, müssen die Ninja Turles mit April O'Neal zusammenarbeiten, um beide aufzuhalten.